Государственная налоговая служба в республике создана постановлением Совета Министров БССР от 02.04.1990 №78 в системе Министерства финансов БССР в составе Главной государственной инспекции Минфина БССР и 185 государственных налоговых инспекций по областям, городам, районам и районам в городах.

Постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 05.08.1992 №485 «Вопросы укрепления налоговой службы» в Главной государственной налоговой инспекции создано управление налоговых расследований и соответствующие подразделения в государственных налоговых инспекциях по областям и г. Минску и в городах с численностью населения свыше 90 тыс. человек.
Указом Президента Республики Беларусь от 17.10.1994 №150 Главная государственная налоговая инспекция при Министерстве финансов переименована в Главную государственную налоговую инспекцию при Кабинете Министров Республики Беларусь и наделена правами министерств и самостоятельных ведомств.

Указом Президента Республики Беларусь от 11.01.1997 №30 Главная государственная налоговая инспекция при Кабинете Министров Республики Беларусь была преобразована в Государственный налоговый комитет Республики Беларусь, который вошёл в систему республиканских органов государственного управления, подчинённых Правительству Республики Беларусь.

Указом Президента Республики Беларусь от 11.02.1998 №71 Главное управление налоговых расследований, входящее в состав Государственного налогового комитета, преобразовано в Государственный комитет финансовых расследований Республики Беларусь.

Указом Президента Республики Беларусь от 03.08.1999 №456 при Государственном налоговом комитете Республики Беларусь создан Комитет по контролю за производством и оборотом алкогольной, непищевой спиртосодержащей продукции, спирта этилового из непищевого сырья и табачных изделий.

Указом Президента Республики Беларусь от 24.09.2001 №516 Государственный налоговый комитет преобразован в Министерство по налогам и сборам Республики Беларусь, а Комитет по контролю за производством и оборотом алкогольной, непищевой спиртосодержащей продукции, спирта этилового из непищевого сырья и табачных изделий при Государственном налоговом комитете в департамент по контролю за производством и оборотом алкогольной, непищевой спиртосодержащей продукции, спирта этилового из непищевого сырья и табачных изделий Министерства по налогам и сборам без прав юридического лица. C 16 августа 2004 г. департамент преобразован в управление контроля за подакцизными товарами главного управления организации контрольной деятельности.

Деятельность государственной налоговой службы в республике регламентируется Законом Республики Беларусь от 2 февраля1994 г. «О государственной налоговой инспекции Республики Беларусь», Положением о Министерстве по налогам и сборам Республики Беларусь, утверждённым постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 31.10.2001 №1592 и Типовым положением об инспекции Министерства по налогам и сборам Республики Беларусь, утвержденным постановлением МНС Республики Беларусь от 28.12.2001 №136. Для обсуждения и выработки решений по наиболее важным вопросам утверждена коллегия МНС в составе 15 человек.

Штатная численность налоговых органов республики по состоянию на 01.02.2009 составляет 9405 человек, в том числе центрального аппарата министерства – 196 человек. В структуру МНС входят 157 инспекций МНС, из них 7 – по областям и г.Минску, 150 – по районам, городам, районам в городах.